医院药房主任回扣问题的处理可能受以下特殊情况影响，需具体分析。
1. 回扣涉及多人共同犯罪：若药房主任与医院其他人员（如院长、采购部门负责人）勾结收受回扣，可能构成共同犯罪，处理时需牵连调查所有涉案人员，案件复杂度提升，调查周期延长。
2. 回扣以“学术会议”名义变相输送：若供应商以赞助学术会议为由向药房主任支付高额“劳务费”，但实际会议内容与药品推广无关，需区分合法学术交流与变相回扣，增加事实认定难度，可能需要专业机构对会议性质进行评估。
3. 药房主任已离职或退休：若药房主任离职后被发现收受回扣，仍需承担法律责任，但证据收集可能因时间久远更困难，需依赖留存的财务记录、证人证言等间接证据。
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针对医院药房主任收受回扣的违法性，可依据以下法律条文进行具体分析。
根据《中华人民共和国反不正当竞争法》（2019年修正版）第七条，经营者不得贿赂交易相对方的工作人员以谋取交易机会。医院药房主任作为医疗机构负责药品采购的关键人员，属于“交易相对方的工作人员”，收受药品供应商的财物或其他利益，显然违反该条款。
同时，《中华人民共和国药品管理法》（2019年修订版）第八十八条明确禁止医疗机构有关人员（包括药房主任）收受药品生产、经营企业的财物或其他不正当利益。因此，医院药房主任收受回扣的行为直接违反上述两部法律的强制性规定，不存在合法空间。
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实践中，针对医院药房主任回扣问题常存在以下错误操作，需注意规避。
1. 私下协商“私了”：若发现回扣问题后与药房主任或供应商私下达成协议，可能因掩盖违法事实被牵连，甚至承担包庇责任。
2. 证据泄露或篡改：未经专业指导随意传播证据或修改证据内容，可能导致证据失效，无法作为追责依据。
3. 举报时夸大事实：举报时故意捏造或夸大回扣金额、情节，可能因诬告陷害承担法律责任。
若对如何正确处理存在疑问，建议及时向律师咨询，避免因错误操作影响维权效果。
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关于医院药房主任是否有回扣的问题，需结合法律规定和实际情况判断。
医院药房主任收受回扣属于违法行为，不存在合法的回扣。
1. 若存在药品供应商向药房主任支付现金、礼品等财物：属于《反不正当竞争法》《药品管理法》明确禁止的商业贿赂行为，药房主任需承担法律责任。
2. 若存在以“学术赞助”“会议补贴”等名义变相输送利益：若未如实入账且与药品采购挂钩，同样构成不正当利益输送，违反法律规定。
3. 若仅为正常的药品采购折扣且如实入账：属于合法的商业折扣，不属于回扣。

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